Gran parte de la historia de La niña santa sucede en un misterioso hotel de aguas termales, en el norte argentino, en invierno. En el hotel viven Helena y su hija adolescente Amalia, que participa de grupos de reflexión católica en una parroquia. Durante un congreso médico en el hotel, Amalia es abordada sexualmente en la calle por un hombre que luego descubre que es el Dr. Jano, uno de los médicos huéspedes. Convencida de que su misión es salvarlo, guardará el secreto. Un triángulo amoroso y una serie de equívocos harán que las vidas de estos personajes se crucen hasta que todo estalle.